Bei einem konfokalen Laser Raster Mikroskop (auch Confocal Laser Scanning Microscopy, CLSM) wird ein Laserstrahl auf die Probenoberfläche fokussiert. Das reflektierte Licht wird hinter einer Lochblende detektiert. Diese Technik ermöglicht eine um ein Drittel verbesserte laterale Auflösung im Vergleich zu einem klassischen Weitfeldmikroskop. Mit dem Fokus des Lasers wird die Probe ebenenweise abgerastert, so dass ein dreidimensionales topographisches Bild entsteht. Dabei wird der Ort maximaler Reflexion entlang der Strahlachse als Punkt der Oberfläche definiert. Das Intensitätsbild liefert ein kontrastreiches Mikroskopiebild. Zeitgleich wird ein klassisches Weitfeldmikroskopiebild aufgenommen.